Ekologiškų produktų gamybai ir pateikimui ES rinkai nustatyti griežti reikalavimai, kurių privalu laikytis. Įprastiniams ūkiams, prieš pradedant auginti žemės ūkio produktus, kurie gali būti ženklinami ir parduodami kaip ekologiški, pirmiausia turi būti taikomas bent dvejų metų pereinamasis laikotarpis. Jei ūkininkai nori gaminti tiek įprastinę, tiek ekologišką produkciją, jie turi aiškiai atskirti šias dvi veiklos rūšis kiekviename gamybos etape. Tiek ūkininkai, tiek perdirbėjai privalo visais atvejais laikytis atitinkamų ES Reglamento taisyklių. Juos nuolat tikrina ES kontrolės įstaigos ar institucijos, siekiant įsitikinti, jog laikomasi šių taisyklių. Lietuvoje šią veiklą vykdo VšĮ „EKOagros“.

Įvykdžiusiems privalomus reikalavimus gamintojams ir perdirbėjams suteikiamas ekologinės gamybos sertifikatas ir tik tada jų pagaminta produkcija gali būti ženklinama kaip ekologiška.